Основное преимущество DOM состоит в том, что он не зависит от языка. То есть если Вы его выучили, изучая, например, JavaScript, то изучать его в PHP Вам не придётся. Аналогично, и с другими языками.
Есть несколько уровней DOM:
1-й уровень - все основные функции находятся на этом уровне. То есть добавление, получение и изменение элементов. Фактически, это самое главное.
2-й уровень - всё тоже самое, но добавились пространства имён (xmlns).
3-й уровень - имеет язык запросов XPath (похож на SQL, но только для документов, а не для базы данных), а также другие технологии.
Применений у DOM очень много. В первую очередь, он применяется для генерации XML-документов (например, карты сайта в формате XML). Различные базы данных, настройки и прочее. Всё это тоже может генерироваться и считываться с помощью DOM. Также применяется активно для создания динамики на HTML-страницах.
